Sağlıklı ve uzun bir ömür geçirmeleri için su kaplumbağalarının temizliği oldukça önemlidir. Su içerisinde yaşamaları ve sürekli sulu ortamda bulunmaları nedeniyle kaplumbağaların kabuklarında bir takım bakteriler üreyip yaşamaya başlar. Bakterilerin kaplumbağaların kabuklarına uzun süre tutunmaları ve tabakalaşmaları, oluşan bu kirlerin temizlenmemeleri kabuklarına zarar vermeye başlar. Bakterilerin yanı sıra su kaplumbağalarının kabuklarına zarar veren bir diğer şey de sürekli sulu ortamda bulunmaları nedeniyle kabuklarında oluşan ince yosunlu katmanlardır.
Su kaplumbağalarının temizliği, kabuklarında oluşan bakterili ve zararlı kir katmanlarından arındırılmaları için kaplumbağalar için ideal olan 25-26 derece su içerisinde, yaşam alanları olan akvaryumlardan ayrı bir temizlik alanı oluşturulmalıdır. Kaplumbağaların akvaryumları dışında bir alanda temizlenmeleri yaşamlarını sürdürdükleri akvaryum sularının kirlenmemesi adına alınan bir önlemdir.
Kaplumbağaların kabuklarındaki kirler kolay ulaşılabilir bir nesne olan diş fırçası yardımı ile ya da bir bez parçası ile temizlenebilir. Hazırlanmış ideal ısıdaki su ile beraber yumuşak uçlu diş fırçası yardımıyla, yavaş ve narin hareketlerle kaplumbağaların kabukları fırçalanabilir. Diş fırçasının ince uçları sayesinde kaplumbağaların girintili çıkıntılı kabukları derinlemesine temizlenir. Diş fırçasına ulaşılamadığı durumlarda ince bir bez/kumaş parçası da su kaplumbağalarının temizliği için kullanılabilecek bir malzemedir. Bir parmağa sarılan küçük bir kumaş parçasıyla kaplumbağanın kabukları ovalanarak temizlenebilir. Kumaş ile temizleme, diş fırçası ile yapılan temizleme işlemi kadar etkin bir sonuç sağlamasa da kullanılabilecek bir yöntemdir.
Su kaplumbağalarının temizlik işlemi sonrasında kaplumbağa yaşam alanına dönmeden önce hazırlanmış olan su ile kabukları iyice yıkanmalıdır. Bu işlem kaplumbağaların kabuğundan ayrılan kirlerin tekrar akvaryuma geri dönmesini önlemek adına yapılmalıdır.
Su kaplumbağalarının yumuşak derilerinin olduğu ön ve arka ayakları ve baş bölgeleri oldukça hassas yapılardadır. Su kaplumbağalarının temizliği sırasında diş fırçalarının uçları bu bölgelere zarar verebileceği için dikkatli davranılması gerekir, diş fırçaları bu bölgelere temas ettirilmemelidir.
